평화로운 '백신계'(그 백신 맞다.)라는 곳에 바이러스의 왕초, '앙그라'가 봉인되어 있었으나 탈출에 성공하여 지구로 도망쳐 온다. 이에 백신계의 여신 '마야'는 무기마루에게 앙그라 포획을 명하지만 백신계 사람은 지구에서 마법을 쓸 경우 폭주하기 때문에 무기마루 스스로 앙그라 포획을 할 수 없었다. 마야는 지구인이 직접 앙그라를 잡을 수 있도록 마법 바톤을 만들어 무기마루에게 맡기고, 지구에서 우연히 만난 코스프레 아이돌 나가하라 코무기에게 이 임무를 수행할 것인지 의뢰한다. 코무기는 사태의 심각성은 고려안하고 마법소녀 코스프레에 흥미가 있어서 그냥 오케이 해 버리고, 결과적으로 앙그라와 그 부하들을 퇴치하는 마법소녀 매지컬 너스 코무기로 변신하게 된다.